Pesantren yang memiliki lembaga sekolah SMP dan SMA yang mengintegrasikan kurikulum pesantren dan kurikulum sekolah. Dengan dua lembaga ini Pesantren Matematika memiliki visi memadukan ilmu Pengetahuan (sains) dengan Islam. Harapannya para santri Trenmatika selain memiliki kecerdasan ilmu pengetahuan juga memiliki ilmu pemahaman keislaman yang baik. Diantaranya mampu menerapkan Arkanuddin (Islam, Iman, dan Ihsan). Selain itu, penerapan sholat khusyu yang akan kalian pelajari dan aplikasikan di pesantren ini berharap mampu memberikan dampak (atsar) yang baik untuk diri sendiri, orang lain, dan masyarakat luas. Dengan bersungguh sungguh belajar di Trenmatika merupakan salah satu faktor untuk mewujudkan Generasi Khusyu. Generasi khusyu adalah mereka yang hatinya selalu terpaut dan tunduk kepada Allah sang maha pencipta.